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依托“控制科學與工程”學科，進行研究生培養和科學研究。自動化系具有：

“控制科學與工程”一級學科碩士學位授予權；

“控制理論與控制工程”二級學科博士學位授予權；

“控制工程”專業碩士學位授予權（全日制）

“控制工程”專業碩士學位授予權（在職）

“控制科學與工程” 一級學科包含：控制理論與控制工程，模式識別與智能系統，檢測技術與自動化裝置，系統工程，導航與制導五個二級學科。

“控制理論與控制工程”以工程領域內的控制系統為主要對象，以數學方法和計算機技術為主要工具，研究各種控制策略及控制系統的建模、分析、綜合、設計和實現的理論、技術和方法。

“檢測技術與自動化裝置”是研究被控對象的信息提取、轉換、傳遞與處理的理論、方法和技術的一門學科。

“系統工程”是為了解決日益復雜的社會實踐問題而形成的從整體出發合理組織、控制和管理各類系統的綜合性的工程技術學科。

“模式識別與智能系統”主要研究信息的采集、處理與特征提取，模式識別與分析，人工智能以及智能系統的設計。