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指揮自動化系下設四個教研室：指揮自動化理論與方法教研室、指揮與控制教研室、信息資源管理教研室和軍事運籌教研室。經過多年的培養和建設，初步形成了一支思想穩定、結構合理、能把握專業內涵與發展規律、適應軍隊信息化建設和軍事斗爭準備需求、具有高水平教學科研素質的師資隊伍。現有教授9人，副教授12人，博士生導師4人，碩士生導師16人，具有博士學位的教員18名，有國外留學經歷的教員6名。1人入選教育部“新世紀優秀人才培養計劃”。

學科建設方面，指揮自動化系的主要專業包括：管理科學與工程、系統工程、軍事運籌三個博士學位授權點，管理科學與工程博士后科研流動站，以及管理工程本科專業。其中，管理科學與工程一級學科為全國高等學校重點學科，在全國學位與研究生教育發展中心組織開展的一級學科整體水平評估中排名第四。

人才培養層次和類型覆蓋本科生、學歷研究生、專業學位研究生和繼續教育。年招收本科生200人左右，研究生60人左右。開設80多門次本科生、研究生課程，年總學時近4000學時，承擔了大量繼續教育工作。培養的研究生有3篇獲湖南省優秀碩士學位論文、1篇獲學校優秀博士學位論文。
以信息系統建設的現實和發展需求為牽引，面向信息系統全生命周期，圍繞信息組織、處理、展現與運用，在信息管理與信息系統、控制與決策、多媒體與虛擬現實、運籌與優化等方向，積極開展發展戰略與理論研究、關鍵技術攻關和應用基礎研究。

信息管理與信息系統

面向管理科學與工程學科信息資源管理研究方向，適應加強信息資源開發利用工作的現實需求，把握世界范圍內信息管理與信息系統學科的內涵和發展趨勢，主要在信息資源規劃、信息資源分發、信息資源集成以及信息系統開發等四個方面進行探索性研究。

信息管理與決策

研究智能交互協作指揮空間技術、多源信息匯聚技術和基于復雜網絡的信息作戰運籌方法。

多媒體與虛擬現實

多媒體信息處理主要研究圖像、視頻等媒體信息的分類、分割、媒體語義提取與標準、基于內容檢索、計算機輔助動畫生成等技術；虛擬現實主要研究虛擬環境、數據與信息可視化、可視化環境綜合集成等技術。

運籌與優化

圍繞運用與決策優化問題，研究信息系統特別是航天信息應用系統的頂層設計、運籌優化和信息應用。運籌理論與方法、指揮控制優化與決策、軍事模型與模擬、體系對抗等方面開展相關的研究。主要科研方向為衛星應用、軍事需求工程、運籌與優化等。

現承擔科研項目30余項，包括國家自然科學基金、國家科技攻關項目、國家863高技術項目、973項目、協作項目、地方外協項目等，近5年共獲國家級科技進步二等獎1項，申請專利3項，軟件著作權4項，出版專著、教材14部，發表論文進入國際三大檢索百余篇。