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生藥學科是復旦大學藥學院最早建立的學科之一，六十年代初就開始招收培養碩士研究生，現為二級博士學科點，招收碩士生、博士生和博士后。現有教授、博士生導師3名，副教授、碩士生導師2名。

生藥學科在中草藥的教學和科研中成績突出。多年來圍繞常用中藥的品種整理和質量評價開展了卓有成效的研究，曾獲得國家中醫藥科技進步一等獎（1996年）、二等獎（1991年）和國家科技進步一等獎（1992年）、三等獎（1997年）等多項學術獎勵。1994年被國家醫藥管理局評選為全國醫藥教育先進集體。2003年被評為國家中醫藥管理局中藥生藥分析三級實驗室。

近年來，生藥學科在中草藥活性成分、藥用植物種質資源、中藥標準與新藥研究方面也積極拓展研究方向并取得優異成績。陳道峰教授主持完成的“南五味子屬藥用植物的化學成分及其生物活性”研究成果獲得2006年度教育部科學技術獎自然科學一等獎。目前生藥學科的研究重點是抗病毒、抗腫瘤、抗補體及抗抑郁活性成分及新藥研發。

生藥學科已建立較為完善的研究生課程體系和培養方案。在科學研究方面，與美國、日本、法國、加拿大、新加坡、香港等國家和地區的多家大學和科研機構建立有科研合作關系，為培養高質量的生藥學研究人才提供了有利支撐。

本學科培養的人才就業趨勢主要是：在國內外著名企業新藥研發中心、醫藥院校、中藥藥物研發機構、藥檢所、藥監局等從事藥物研究、開發及行政監管等工作。