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藥用植物研究所是我校藥用植物學學科建設的主體單位，自其成立以來緊緊圍繞藥用植物學在藥用植物資源的種類、分布、繁育、保護和可持續利用為研究內容和目標，逐步形成了藥用植物資源創新方法研究、藥用植物菌根生物學研究、藥用植物遺傳育種及分子調控、藥用植物親緣學以及藥用植物的質量評價和控制等幾大研究方向，并培養了一支在藥用植物學科研究方面的優勢人才隊伍，保證了藥用植物學學科的穩定發展。

我校現有2個國家重點學科一級學科（生物學、藥學）、8個國家重點學科二級學科（免疫學、病理學與病理生理學、內科學、皮膚病與性病學、影像醫學與核醫學、婦產科學、腫瘤學、麻醉學）、2個國家重點學科三級學科（外科學-骨外、外科學-胸心外），1個國家重點培育學科（外科學-普外）。1個北京市重點學科一級學科（基礎醫學），3個北京市重點學科二級學科（護理學、眼科學、流行病與衛生統計學），1個北京市重點學科三級學科（外科學-普外）。藥用植物學是我校目前唯一的國家中醫藥管理局重點學科。