中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所是從事內(nèi)陸水體生命過(guò)程、生態(tài)環(huán)境保護(hù)與生物資源利用研究的綜合性學(xué)術(shù)研究機(jī)構(gòu)，其前身是1930年1月在南京成立的國(guó)立中央研究院自然歷史博物館，1934年7月改名為中央研究院動(dòng)植物研究所，1944年5月又分建成動(dòng)物研究所和植物研究所，中國(guó)科學(xué)院成立以后，于1950年2月將原中央研究院動(dòng)物所的主體、植物研究所和山東大學(xué)的藻類(lèi)學(xué)研究部分以及北平研究院的部分研究人員合并，組建中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所，所址上海，1954年9月遷至武漢。

水生生物研究所科學(xué)研究的總體目標(biāo)是根據(jù)國(guó)家需求，針對(duì)水生態(tài)環(huán)境不斷惡化和水質(zhì)性缺水日趨嚴(yán)重這一我國(guó)和世界性重大問(wèn)題，發(fā)展淡水生態(tài)學(xué)、水生生物多樣性與資源保護(hù)、漁業(yè)生物技術(shù)和水環(huán)境工程研究，并通過(guò)這些研究在基礎(chǔ)、應(yīng)用基礎(chǔ)與應(yīng)用三個(gè)研究層次上的有機(jī)結(jié)合，為我國(guó)的水生態(tài)環(huán)境保護(hù)和漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展作出基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻(xiàn)，攀登科學(xué)高峰，將水生生物研究所建成代表本領(lǐng)域國(guó)家最高水平和國(guó)際著名的研究機(jī)構(gòu)。

水生所先后擁有9位中國(guó)科學(xué)院院士。全所現(xiàn)有在職職工288人，其中科技人員193人，進(jìn)入知識(shí)創(chuàng)新工程人員172人，中國(guó)科學(xué)院院士5人，研究員42人，副研究員及高級(jí)工程師59人，中級(jí)83人。擁有973首席科學(xué)家4人，國(guó)家杰出青年基金獲得者8人，中國(guó)科學(xué)院“百人計(jì)劃”人才13人。

目前研究所設(shè)有水生生物多樣性與資源保護(hù)研究中心、淡水生態(tài)學(xué)研究中心、魚(yú)類(lèi)生物學(xué)及漁業(yè)生物技術(shù)研究中心、水環(huán)境工程研究中心、水環(huán)境與人類(lèi)健康研究中心和藻類(lèi)生物學(xué)及應(yīng)用研究中心。擁有淡水生態(tài)與生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家淡水漁業(yè)工程技術(shù)研究中心（武漢）、東湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)開(kāi)放試驗(yàn)站、中國(guó)科學(xué)院水生生物多樣性與保護(hù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、湖北省水體生態(tài)工程技術(shù)研究中心、武漢市水環(huán)境工程研究中心。建有亞洲最大的淡水魚(yú)類(lèi)博物館，擁有白鱀豚館以及中國(guó)最大的淡水藻種庫(kù)。“淡水生態(tài)與生物技術(shù)”國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室連續(xù)三次被評(píng)為優(yōu)秀；東湖生態(tài)站被納入國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站系列。

水生生物研究所自成立以來(lái)，共取得科研成果近600項(xiàng)；自1981以來(lái)有130多項(xiàng)榮獲國(guó)家和省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)。編著出版專(zhuān)著120多部，發(fā)表科學(xué)論文近4000余篇。自2001年進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)以來(lái)，水生生物研究所進(jìn)入了一個(gè)新的歷史發(fā)展階段。通過(guò)凝練目標(biāo)和結(jié)構(gòu)調(diào)整，承擔(dān)國(guó)家重大課題的能力明顯增強(qiáng)。近年來(lái)，本所科學(xué)家領(lǐng)銜主持了一大批包括973、863、重大科技攻關(guān)、自然科學(xué)基金重大和重點(diǎn)等國(guó)家項(xiàng)目，形成一批在理論上有重大突破或在應(yīng)用上有廣闊前景的研究成果，在國(guó)際上發(fā)表SCI論文的數(shù)量由2000年的56篇增加到2007年的194篇，且質(zhì)量明顯提高，出版專(zhuān)著和獲得授權(quán)專(zhuān)利的數(shù)量也逐年上升。一些重要技術(shù)創(chuàng)新或技術(shù)集成獲得成功并在應(yīng)用中日臻成熟，對(duì)于我國(guó)水環(huán)境保護(hù)和漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展起到了顯著的推動(dòng)作用。這些科研產(chǎn)出，在魚(yú)類(lèi)分子系統(tǒng)發(fā)育和進(jìn)化，藻類(lèi)生物學(xué)研究，魚(yú)類(lèi)遺傳育種學(xué)，淡水生態(tài)學(xué)，水環(huán)境工程學(xué)和保護(hù)生物學(xué)等方面回答了一系列前沿科學(xué)問(wèn)題，滿(mǎn)足了國(guó)家在水污染治理和發(fā)展生態(tài)漁業(yè)方面的重大需求，產(chǎn)生了廣泛的社會(huì)影響，取得了重大經(jīng)濟(jì)效益。

研究所注重發(fā)揮水生生物學(xué)科技“國(guó)家隊(duì)”的作用，積極促進(jìn)地方科技事業(yè)，參與經(jīng)濟(jì)建設(shè)，取得了一系列成績(jī)。以國(guó)家淡水漁業(yè)工程技術(shù)研究中心武漢中心為依托，組建了企業(yè)，促進(jìn)了漁業(yè)模式和環(huán)保飼料等成果轉(zhuǎn)化，指導(dǎo)建設(shè)了一大批國(guó)家級(jí)和省級(jí)的水產(chǎn)原良種場(chǎng)。以湖北省和武漢市水環(huán)境工程技術(shù)研究中心為依托，推動(dòng)了我所一批水環(huán)境治理方面的核心技術(shù)向全國(guó)輻射和轉(zhuǎn)化。

研究所對(duì)外合作與交流活動(dòng)頻繁。近10年來(lái)，先后派出科技人員近600人次到近30個(gè)國(guó)家和地區(qū)進(jìn)行合作研究、進(jìn)修或短期訪問(wèn)，同時(shí)接待了來(lái)自近40個(gè)國(guó)家的專(zhuān)家2000多人次進(jìn)行學(xué)術(shù)交流、合作或進(jìn)修。研究所作為核心成員加入大的國(guó)際合作研究計(jì)劃，如美國(guó)的“Tree of Life”研究計(jì)劃，還發(fā)起和引領(lǐng)多邊國(guó)際合作，如淡水豚類(lèi)聯(lián)合調(diào)查項(xiàng)目、主辦國(guó)際人工濕地培訓(xùn)班等。

研究所設(shè)有生物學(xué)博士后流動(dòng)站，有水生生物學(xué)、遺傳學(xué)、環(huán)境科學(xué)和海洋生物學(xué)專(zhuān)業(yè)4個(gè)博士學(xué)位點(diǎn)，有動(dòng)物學(xué)、水生生物學(xué)、遺傳學(xué)和環(huán)境科學(xué)和環(huán)境工程學(xué)等5個(gè)碩士學(xué)位點(diǎn)。具有招收、培養(yǎng)港、澳、臺(tái)和國(guó)外研究生資格。現(xiàn)有在學(xué)研究生、博士后以及高訪學(xué)者480余人。