國家海洋局第二海洋研究所創建于1966年，是一座學科齊全、科技力量雄厚、設備先進的綜合型公益性海洋研究機構。主要從事中國海、大洋和極地海洋科學研究；海洋環境與資源探測、勘查的高新技術研發與應用。作為國內從事海洋調查與研究的主要單位之一，建有一個國家重點實驗室——衛星海洋環境動力學國家重點實驗室和三個國家海洋局開放實驗室——國家海洋局海底科學重點實驗室、海洋動力過程與衛星海洋學重點實驗室、國家海洋局海洋生態系統與生物地球化學重點實驗室以及一個所級重點實驗室——工程海洋學重點實驗室，包含海洋工程勘測設計研究中心、檢測中心、海洋標準物質中心、海洋科技信息中心等技術服務機構和技術支撐體系。擁有與國際接軌的、可用于近岸到深海海洋調查研究所需的、總價值上億元的多專業內外業儀器設備。

現有專業技術人員300余人，其中中國科學院院士1人，中國工程院院士2人，浙江省特級專家1人，浙江省有突出貢獻中青年專家1人，研究員75人，副研究員及高級工程師100余人，形成了一支高素質、高水平、高技能的科技人才隊伍，擁有一批在國內外有影響的學術帶頭人。是國務院學位委員會1981年首批批準的理學碩士學位授予單位；擁有物理海洋學、海洋地質學、海洋遙感、海洋化學、海洋生物等20多個學科專業，并分別依托國內外著名大學、研究所招收博士研究生；具有單獨招收博士后研究人員的博士后科研工作站。

近年來通過科技體制改革對原有的學科結構進行了調整，整合為海底科學與深海勘測技術、海洋動力過程與數值模擬技術、衛星海洋學與海洋遙感、海洋生態系統與生物地球化學、工程海洋學5個重大研究領域和19個重點研究方向，基本形成了適應國家需求和立足海洋科技發展前沿的科技創新體系和科研群體。

多年來，承擔了多項國家“973”重大基礎研究項目、國家“863”高新技術項目、國家科技支撐項目、國家自然科學基金重大和重點項目、國家重大專項、國防安全項目和部、省重點科技項目。共獲國家、省、部級科技進步獎150多項，其中國家一、二、三等獎11項，省、部級一等獎40項。是國家海洋局海洋科學調查研究對外合作的主要窗口之一，先后與美、德、法、日、澳、荷等20多個國家和地區進行合作調查研究。主編出版海洋綜合性國內學術核心期刊《海洋學研究》。擁有國家計量認證合格單位證書、國家級海洋工程勘察設計甲級證書和海洋測繪甲級證書等資質證書。

如今，面對新的機遇和挑戰，海洋二所正在大力增強自主創新能力，不斷提高科技水平，努力實施跨越式發展，把二所建設成為在國內外有重大影響力和知名度的海洋科技強所，為國家的海洋事業做出新的貢獻。