中國科學院新疆生態與地理研究所（簡稱新疆生地所）于1998年7月7日由中國科學院新疆生物土壤沙漠研究所（1961年成立）和中國科學院新疆地理研究所（1965年成立）聯合重組成立。

新疆生地所圍繞國家西部大開發戰略目標，在中國科學院創新基地建設的戰略思想指導下，面向干旱區資源開發利用和生態安全與可持續發展戰略，在“綠洲系統演化與綠洲生態農業”、“脆弱與受損生態系統恢復與荒漠化防治”、“資源開發利用與區域可持續發展”、“特殊生物資源多樣性保護與利用”、“干旱區資源與環境監測與決策”等方面開展前瞻性、戰略性、基礎性研究。在知識創新三期，新疆生地所致力于將中亞區域科技合作和科學水平推向新的高度,努力建設在干旱區資源環境研究領域具有鮮明特色的國際知名研究所。

新疆生地所現有5個研究室、 9個野外臺站。此外，還建有1個院級重點實驗室、1個國家工程中心、2個省級重點實驗室，并附設有建筑面積4500m2的以干旱區資源與環境為特色的標本館。

截至2008年底，新疆生地所共有在職職工303人，流動人員539人，離退休人員172人，進創新崗位124人。在職人員中，共有科研人員242人，科技支撐人員59人，包括正高級專業技術人員25人、副高級專業技術人員77人、中國科學院“百人計劃”入選者6人、“國家杰出青年科學基金”獲得者1人；流動人員中，共有客座研究員25人、在學研究生294人（其中博士生111人、碩士生183人）、在站博士后3人。研究所設有自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、生態學、植物學5個博士培養點和7個碩士培養點，并設有地理學、生物學2個博士后流動站。

2008年，新疆生地所共獲省部以上科技獎勵11項。其中國家科技進步二等獎2項，分別為“塔里木河中下游綠洲農業與生態綜合治理技術”（新疆生地所為第一完成單位）、“塔里木沙漠公路防護林生態工程建設技術開發與應用”（新疆生地所為第二完成單位）；獲自治區科技進步獎9項，其中突出貢獻獎1項、一等獎5項、二等獎2項、三等獎1項。宋郁東研究員被自治區人民政府授予科技進步獎突出貢獻專家獎；“塔里木河中下游荒漠化防治與生態系統管理研究與示范”、“新疆塔里木河流域生態水文問題研究”、“新疆數字地貌的關鍵技術與應用研究”、“北疆供水工程沙害防治試驗研究與應用”、“干旱區生態環境調控與管理”獲自治區科學技術進步獎一等獎。此外，“塔里木沙漠公路生態防護林工程”在獲評“中國十大科技進展”后再獲“中國十大環境友好工程”和新疆工程設計一等獎。

2008年，新疆生地所國際科技交流與合作總量為103批532人次，共派遣出訪30批62人次，接待來訪73批470人次，涉及到41個國家和地區，與中亞及周邊國家的交流量仍然保持在三分之一以上；共舉辦10次國際研討會，包括國家層面的國際山地綜合發展中心高層戰略研討會、第五屆中日科技戰略與政策研討會、中巴邊境區域環境保護和可持續發展研討會、上海合作組織國立科研機構科技合作研討會等學術會議，其中上海合作組織國立科研機構科技合作研討會就上海合作組織框架下區域科技合作的機制、平臺建設、優先領域和人才培養等內容進行磋商討論，最終形成了《宣言》，確立了本地區科學院在上海合作組織框架下的合作機制，確定了優先合作領域以及合作方式等問題。

新疆生地所是新疆土壤肥料學會、新疆地理學會、新疆植物學會、新疆科學探險協會、新疆自然資源學會的掛靠單位；承辦的科技期刊有《干旱區研究》、《干旱區地理》，以及同名在國內發行的維文版刊物；擁有國家甲級水文水資源調查評價資質證書、國家乙級環評資格證書、國家乙級測繪資質證書、國家乙級旅游規劃設計資質證書、乙級土地定級估價證書、農林行業（營造林）乙級工程設計證書。