軍事科學院科研工作的指導思想為：堅持以馬列主義軍事理論、毛澤東軍事思想和鄧小平新時期軍隊建設思想為指導，以新時期軍事戰略方針為依據，解放思想，實事求是，理論聯系實際，面向現代化，面向世界，面向未來。認真總結中國人民解放軍的歷史經驗，重視吸收外軍的有益經驗，繼承和發展毛澤東軍事思想，研究現代條件下人民戰爭特別是高技術條件下的局部戰爭，發展和完善本國的軍事科學，為軍委和總部決策服務，為部隊建設與作戰服務。其基本任務為：開展軍事基礎理論、應用理論和對策研究，為中央軍委、人民解放軍三總部決策提供咨詢建議，為國防和軍隊建設及作戰提供理論指導，為部隊、機關和院校提供軍事學術信息；組織協調全軍開展軍事科學研究；培訓具有碩士以上水平的軍事科研人才；負責“中國軍事科學學會”的日常工作。

軍事科學院建院40余年來，取得了許多重要的研究成果，其中主要的有：譯編馬恩列斯軍事文選、文集,選編毛澤東軍事文選、文集和鄧小平軍事文選,研究和編寫馬克思主義軍事理論著作；編寫和修訂人民解放軍合成軍隊條令、條例；開展國防建設、軍隊建設和作戰重大現實問題的研究，為中央軍委和總部提供了一批研究報告；撰寫了《戰略學》、《戰役學綱要》、《國家軍制學》、《中國人民解放軍戰史》、《中國人民志愿軍抗美援朝戰史》、《中國軍事史略》、《孫子兵法新注》等重要軍事著作；組織全軍編纂了《中國大百科全書·軍事》、《中國軍事百科全書》、《軍用主題詞表》等重要工具書；運用計算機建立了若干個作戰模擬系統；編譯提供了大量的外軍學術信息。其中，有些成果具有重要的理論價值和應用價值，有些成果填補了軍事科學領域的空白，有些成果獲得全國或全軍的獎勵。此外，還編輯發行了《中國軍事科學》、《軍事學術》、《國防》、《軍事歷史》、《外國軍事學術》、《軍事百科通訊》、《軍事系統工程》、《軍事科研通訊》等刊物，對活躍和繁榮軍事科學研究起到了積極作用。同時,在計劃協調全軍的軍事科研工作方面做了大量工作，組織全軍制訂了人民解放軍“七五”、“八五”、 “九五”軍事科研工作計劃，申報了國家哲學社會科學五年規劃和年度基金研究課題，開展了全軍軍事科研優秀成果的評獎工作，對推動和發展軍事科研事業做出了貢獻。

1972年,葉劍英不再任軍事科學院院長及政治委員后,歷任院長為：宋時輪、鄭文翰、蔣順學、趙南起、徐惠滋、劉精松、王祖訓、葛振峰、張定發；歷任政治委員為：粟裕、王樹聲、王新亭、廖漢生、劉志堅、蕭華、袁升平、梁必業、王誠漢、楊永斌、張序三、張工、溫宗仁。現任院長：鄭申俠，政治委員：劉源。