北京市中醫研究所建于一九五九年十月，是我國首批五所中醫研究所之一。是北京市屬唯一的公益性中醫科研機構。北京市中醫研究所是北京市科委屬下的市級研究所，由北京市衛生局、北京市中醫管理局主管，北京中醫醫院黨委直接領導。本所為國務院碩士學位培養單位，現有針灸學、中醫 內科學、中西醫結合臨床3個專業的碩士學位授予權。

我所現任所長為王莒生主任醫師兼任（北京中醫醫院院長），副所長李萍。研究所現有病理生理室、生化實驗室、藥理實驗室、藥化實驗室、動物室、研究所辦公室。其中病理生理室為科研型三級實驗室建設點；病理生理室、藥理實驗室為科研型二級實驗室。實驗動物室通過三級認證。

目前我所擁有工作人員18人。其中碩士研究生導師3人；博士以上學位2人；碩士學位3人；在職攻讀碩士人員2人。目前已經培養碩士83人，聯合培養博士3人。

自建所以來，我所獲得全國科學大會獎1項、北京市科技進步一等獎2項、北京市科技進步二等獎4項、北京市科技進步三等獎27項，發表論文200余篇。

我所在長期的中醫藥研究中形成了臨床、基礎相結合的研究模式。(1)在脾虛證本質、幽門螺桿菌及胃癌前病變等方面有很廣泛的學術影響。代表人物如危北海、趙榮萊、金敬善、趙子厚等。(2)在中醫藥對皮外科疾病、組織損傷修復研究是目前研究的主要方向。主要學術帶頭人員有王莒生、李萍等。(3)具有傳統中醫藥制劑改革和新藥研發的能力，尤其在外用藥制劑的研究是我們的優勢，學術帶頭人有何薇、曾祖平等。(4)中醫藥對心腦血管疾病及腫瘤的研究是具有基礎和發展潛力的學術方向，代表性人物為丁瑞、劉衛紅、周萍等。

研究所近三年承擔國家自然基金2項、北京市自然基金5項、北京市科委項目3項、北京市中醫管理局項目4項。

研究所具有細胞培養室：包括CO2孵箱、倒置顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、熒光倒置顯微鏡、酶標儀和熒光酶標儀等設備；分子生物學實驗條件：電泳儀、PCR儀、紫外分光光度計、凝膠電泳成像系統；形態學實驗室：包括脫水機、包埋機、石蠟切片機、冰凍切片機、圖像分析系統等設備；藥物分析條件：氣相色譜儀、液相色譜儀、碳、薄層掃描儀、超速低溫離心機等價值1000余萬元儀器設備。

北京市中醫科技開發公司是北京市中醫研究所直屬的開發公司，主要經營項目為：醫療儀器、保健用品，中成藥加工技術開發，咨詢服務及新產品銷售等。