南通大學從2015年入學的研究生開始實行收費制度。南通大學將按照國家規定收取學費，學術型每生8000元/年、專業型每生10000元/年（招生簡章  專業目錄  參考書目  聯系方式）

另外，南通大學向全國研究生招生計劃內的，有中國人民共和國國籍的全日制碩士生（有固定工資收入的除外，檔案不到學校者視為有固定收入）發放6000元/年的國家助學金。在修業年限內符合條件的研究生，可參評國家獎學金、學業獎學金和學校、院系為研究生設置的獎助學金。學校、院系和導師為研究生設置“助教”、“助管”和“助研”崗位（統稱為“三助”崗位），承擔“三助”崗位的研究生，可以獲得相應的崗位津貼。

從研究生招生報名查詢系統了解到，南通大學研究生實行住宿收費制，2015年錄取的碩士生學校住宿收費標準上限為1200元/學期？人，2015年住宿費標準將在發放錄取通知書時說明。因學校學生宿舍資源緊張，院系計劃外名額招收的碩士生和定向就業類別（不轉檔案）碩士生原則上不安排學生宿舍住宿。