學校1978年開始招收碩士研究生，1981年被國務院批準為首批碩士學位授予單位，2003年獲得博士學位授予權，2009年開始招收全日制專業碩士研究生，2017年開始招收非全日制專業學位研究生。學校目前擁有各類在校博士、碩士研究生6500余人。2023年計劃招收全日制碩士研究生2100人、非全日制碩士研究生205人，實際招生計劃以教育部下達的為準。

2023年曲阜師范大學碩士研究生招生簡章

2023年曲阜師范大學碩士研究生招生專業目錄