中國藥科大學自2011年開始招收專業學位碩士研究生，截止2021年12月，學校擁有5個專業學位碩士點，1個專業學位博士點。同時，學校為全國藥學專業學位研究生教育指導委員會秘書處掛靠單位。

經過多年的基地建設，截止2022年3月，中國藥科大學擁有75家專業學位研究生實踐基地，其中校級基地20家，院級基地55家，遍布上海、重慶、杭州、蘇州等一線城市。南京圣和藥業股份有限公司、中國食品藥品檢定研究院、天津天士力控股有限公司、南京鼓樓醫院、美國奧斯達藥業等基地被評為全國專業學位培養示范基地。

基地培養學生的學制為3年，其培養模式為“0.5+2.5”，即學生在學校開展半年的理論課學習，隨后赴基地開展兩年半的專業實踐，開展項目研究。

在學生培養方面，實行雙導師制（校內、校外導師共同指導），推行勝任崗位挑戰的“項目貫通”式培養模式，依托基地發布的新藥研發與評價、藥物質量控制、藥物臨床使用、藥品注冊與監管等方向的行業一線項目，實施項目貫通聯合培養，將項目管理和學生培養環節有機融合。在基地培養的專業學位碩士研究生將在攻讀碩士學位階段接觸并承擔藥學行業一線研究工作。

在制度建設方面，基地針對學校研究生管理相關要求，制定了較為完善的規章管理制度，包括《聯合培養研究生管理暫行辦法》《研究生學位論文開題報告暫行規定》《聯合培養研究生中期考核實施暫行規定》《聯合培養研究生攻讀學位期間發表論文的規定》《研發中心培訓管理規程》《研發中心分級人才培養方案》等，保障學生在基地實踐過程中的培養質量。

在科研條件方面，提供豐富的學習條件與科研資源（包括各種科研數據庫、儀器設備等），同時提供完成科研任務所需的經費支持，并安排研究生參與科技重大專項等國家級和省級重點科研項目，享受規定的有關權益并享有獲得有關榮譽稱號和獎勵的評選權利。

在生活保障方面，聯合培養研究生除享受國家和學校規定的生活補助等待遇外，基地還為研究生提供一定金額的生活補助并提供免費住宿等。為了提升聯培生德智體全面發展，基地也為學生組織了多種戶外素質拓展活動及文化娛樂活動。

2022年度中國藥科大學招生基地