研究生培養校區主要在山東農業大學北校區。

全日制學術型碩士研究生學制3年，每生每學年學費8000元。全日制專業學位碩士研究生學制2年，會計專業每生每學年學費15000元，其余專業每生每學年學費8000元。同時國家和學校設立助學金、國家獎學金、校長獎學金、推免生獎學金、創新人才獎學金、學業獎學金、三助崗位、助學貸款和延期資助等多元獎助貸體系。

非全日制專業學位碩士研究生學制3年，會計、公共管理專業每生每學年學費15000元，其他專業每生每學年學費8000元。非全日制學生在校期間不享受獎助學金待遇、不安排住宿。原則上非全日制碩士研究生招收在職定向就業人員。